En Allemagne, durant les derniers mois de la Seconde Guerre Mondiale, Johannes (Jojo) Betzler, est maltraité par ses camarades alors qu'il participe à un camp des jeunesses hitlériennes. Incapable de tuer un lapin, il est traité de lâche et surnommé Jojo Rabbit. Il se console avec son ami imaginaire, Adolf Hitler. Amoureux de la "nation" et grand partisan du Führer, il voit sa vie remise en cause lorsqu'il découvre que sa mère, Rosie, cache dans le grenier une jeune fille juive nommée Elsa.
1979. En pleine guerre froide, deux familles ordinaires d'Allemagne de l'Est rêvent de passer à l'Ouest. Leur plan : construire une montgolfière et survoler la frontière. Une histoire incroyable. Une histoire vraie.